食品工业使用的食源性肽均是以食物蛋白质为原料，经生物酶水解的方法制备而成。其过程相当于食物蛋白质在体内的消化过程。大量的研究均证实，食源性肽是安全的。国家的权威部门对食源性肽的安全性进行了系统地审查，已批准以食物蛋白质为原料经生物酶解方法制备的肽可作为普通食品食用，可作为食品配料用于食品当中。

除此之外，食物蛋白质经过酶水解的过程制成肽尤其是低聚肽，大大破坏了其中的致敏源，也使其致敏性明显降低，基本上不会造成过敏反应。