一是作为药物使用的肽类物质。肽类药物多数源于内源性肽或其它天然肽，尤其是源于动物的肽类毒素和抗生素，如蜂毒、蛇毒、蛙毒等，它们生理效应强，作用广泛，在药物研发中已经引起极大的关注。这类肽类物质常常是经过结构分析和作用机制研究，然后再经过一定的化学修饰，改变其原有的某些特性，赋予其适合药物开发的特性，才能开发出有价值的药物。肽类药物常常是在上述研究的基础上，最后利用人工合成的方法制备药物。已开发的有用于镇痛、抗炎、抗肿瘤、治疗神经系统疾病的药物等。不过，随着对食源性肽研究的不断深入，某些低聚肽片段的功能和结构逐渐清晰，将为肽类药物的开发提供更有利的支持。

二是作为易吸收的氮源营养物质使用的短肽类营养物质。为了解决某些特殊情况下病人的营养问题，常用到营养制剂。经口或鼻饲方法给予的肠内营养制剂，按其氮源营养成分可分为整蛋白型、氨基酸型和短肽型。短肽型肠内营养制剂就是以食物蛋白质经水解后获得的低聚肽为氮源。当前，国家逐步推广特殊医学用途配方食品。相关法规也规定，食源性低聚肽作为一种易被吸收利用的氮源营养物质的形式，允许用于这类食品中。