低聚肽尤其是二肽、三肽的吸收，主要依赖氢离子或钙离子的转运体系，主要是与氢离子的同向跨膜转运方式相耦联。肠黏膜上皮细胞刷状缘可以表达一种“氢离子+肽同向转运系统”，它可以顺浓度差将氢离子转运到细胞内，同时逆浓度差将低聚肽带入细胞内。这一过程需要钠泵的参与来维持氢离子的浓度差，也是一个耗能过程。

对比蛋白质，低聚肽是蛋白质粉的升级版。食物中的蛋白质在人体消化道内必须经过消化，才能被吸收和利用，其吸收程度与蛋白质的种类、机体的消化能力有直接关系。而将蛋白质转变为低聚肽后，能够明显减轻机体胃肠道的消化负担，吸收率明显高于完整蛋白质。