主管部门为农业部。

1986年开始筹建，1988年9月通过国家技术监督局组织的验收审查，1989年4月正式批准对外开展工作。

质检中心的主要任务是：承担国家指定的产品质量的监督抽查检验，优质产品的检验鉴定；受有关部门的委托，对实行生产许可证制度的产品质量、重要新产品投产鉴定、产品质量认证进行检验；进行产品质量的等级鉴定和检验；负责产品质量争议的仲载检验；研究开发新的检验技术和方法，对地方同类产品质量检测机构进行技术指导和人员培训；承担或参与国家标准、专业标准的制订、修订和有关标准的试验验证工作。

质检中心的产品检验范围是：鲜、冻、干制、腌制水产品，鱼糜制品、鱼粉、海藻加工品等。质检中心抑有气相色谱仪、液相色谱仪、等离子发射光谱仪、原子吸收分光光度计、紫外可见分光光度计、自动蛋白质测度仪等大型精密仪器，可以对各类水产及水产加工品进行质量检验和成分测试分析。

质检中心下设机构有办公室（检验业务管理），理化检验室，微生物检验室等，并配有资料室和样品贮存室。